Хондромы встречаются преимущественно в возрасте от 20 до 30 лет, с одинаковой частотой у лиц обоего пола. Наиболее частая локализация солитарных хондром — кости кистей и стоп, особенно фаланги пальцев.
Реже опухоль локализуется в длинных трубчатых костях, чаще — в метафизах, реже — в диафизах.
Нередко хондромы развиваются в ребрах, плоских и коротких костях (лопатка, грудина, кости таза, особенно безымянная кость), в позвонках.
Из редких локализаций следует отметить кости основания черепа, чаще область средней и задней черепных ямок.
Гешиктер и Копленд описали периостальную локализацию хондромы, но выделяют ее в самостоятельный вид опухоли.
Она характеризуется небольшими размерами, развивается в толще периоста, вторично прорастая кость с образованием зоны остеосклероза вокруг очага деструкции кости.
Судя по рентгенограммам, опухоли, описанные Гешиктером и Коплендом, чрезвычайно сходны с костно-хрящевыми экзостозами.
Хондромы могут возникать первично и вне скелета — в мышцах, фасциях, внутренних органах (легкие, яички, щитовидная и молочная железы). Биддер описал врожденную хондрому шеи, возможно, бранхиогенного происхождения.